Corominas, que ha sido la máxima autoridad en etimología castellana hasta la fecha, dice que "galeón" es un derivado de galea (del cual también deriva "galera") y su primera aparición se fecha en 1528. Otros derivados son galeoncillo (h. 1600) y galeoncete. Galeaza aparece en el segundo cuarto del siglo XV. Galeota (h. 1260), etc.
Otra cosa, completamente distinta de la etimología, es la evolución tipológica del buque en cuestión y aquí parece que no hay unanimidad. El hecho es que el nombre "galeón" aprece aplicado a embarcaciones de distinto tipo en diferentes épocas.
En cuanto a la diferenciación entre buques de guerra y mercantes hubo de todo un poco. Creo que las cosas fueron más o menos así:
Hasta finales del siglo XVI y principios del XVII, el rey construía algunos galeones de guerra y el resto de los buques de las armadas eran mercantes requisados o embargados que armaban para la ocasión, pero que eran poco adecuados a los usos militares.
Brochero y Veas quisieron poner fin a esta situación redactando las ordenanzas de 1607, 1613 y 1618 que impusieron un único tipo de buque para guerra y para mercante, con objeto de que el rey pudiese organizar armadas mediante el embargo de buques de particulares que con estas ordenanzas serían adecuados a las necesidades militares. Por tanto durante algunos años los buques mercantes y de guerra pudieron ser muy parecidos.
Sin embargo, las ordenanzas estaban pensadas fundamentalmente para controlar la construcción de buques por los particulares, sujetándolos a ciertas normas, pero el Rey y la Junta de Armadas no estaban sometidos a ellas y en cada asiento de buques de guerra experimentaban con nuevas medidas y proporciones, buscando el buque ideal, con lo cual se fabricaron muchos buques de guerra que se apartaban de las ordenanzas y por tanto de los mercantes. Estos mercantes, construidos según las ordenazas, siguieron siendo embargados para completar las armadas y escuadras de guerra.
Por su parte, los mercaderes que participaban en la carrera de indias no pararon hasta que lograron la práctica derogación de la prohibición que contenían las ordenanzas respecto de los embonos. De esta forma, hacia 1640, los buques de la Carrera eran embonados, se les condenaban las portas de la 1ª batería, se subía la artillería al puente y se corrían los alcázares con lo que el barco se convertía en un 3 cubiertas. De todo ello resultaba que el barco podía calar más, de forma que la 1ª cuabierta quedaba por debajo de la línea de flotación.
Resultado: Unos buques con mucha capacidad de carga pero sumamente pesados y poco maniobreros. Son estos "galeones" de la Carrera los que dieron mala fama a los buques españoles frente a ingleses y holandeses, pero en realidad eran producto de unas modificaciones que en alteraban totalmente el diseño constructivo. Es decir: se construían según la ordenza y después se transformaban en lo que Garrote calificó como "Pontones", que no tenían nada que ver en su comportamiento con el diseño original. Por su parte, el Rey seguía construyendo galeones de guerra con proyectos específicos para cada encargo.
De esta forma, durante el siglo XVII se produjo un gran distanciamiento entre los buques de la Carrera y los de la Armada del Océano. A finales de siglo, Garrote hizo un intento desesperado de unificar nuevamente ambos tipos (mercantes y de guerra) presentado al Rey un proyecto de ordenazas conocido como la "Nueva Fábrica de baxeles", pero no tuvo éxito y ambos tipos de buques, mercantes y de guerra, se distanciaron cada vez más en su diseño al igual que sucedía en el resto de Europa.
