Si son dos las cuadernas en las que te ha pasado, asegúrate que no las has intercambiado de lugar en la falsa quilla, pues es muy raro que si las encastras a tope del hueco que llevan (el troquelado es hecho a laser y suele ser bastante preciso) no te queden todas enrasadas por arriba.
En cualquier caso, la solución NO es recortar el supuesto sobrante por arriba, pues, como ya te han dicho, si la cuaderna está desplazada tambien el casco saldría deformado en ese punto.
Trata de despegarlas con cuidado para volverlas a poner bien, y si no lo consigues porque estén bien pegadas, plantéate cortarlas sin hacer mucho daño a la falsa quilla y reconstruirlas tú.
Suerte